LE BIOLOGISTE ET LES INNOVATIONS TECHNIQUES AU CŒUR DE LA RAM

INTRODUCTION

La résistance aux antimicrobiens (RAM) constitue une menace pour la santé mondiale et pour le développement. Elle nécessite que des mesures soient prises d’urgence dans de multiples secteurs pour que les objectifs de développement durable puissent être atteints.

Qu’entend-on par antimicrobiens ?

Les antimicrobiens comme les antibiotiques, les antiviraux, les antifongiques et les antiparasitaires  sont des médicaments utilisés pour prévenir et traiter les infections chez les être humains, les animaux et les végétaux.

Qu’est-ce que la résistance aux antimicrobiens ?

La résistance aux antimicrobiens (RAM) survient lorsque les bactéries, les virus, les champignons et les parasites évoluent au fil du temps et ne réagissent plus aux médicaments, rendant plus difficile le traitement des infections, augmentant ainsi le risque de propagation des maladies, de formes graves de celles-ci et même de décès.

Définitions

c : Dose minimale d’ATB qu'un malade peut recevoir sans danger et qui a un effet sur la  souche bactérienne.

C :   Dose maximale d‘ATB qu’un malade peut recevoir sans danger et qui a un effet sur la souche bactérienne.

ces paramètres font appel aux notions de concentration critique inferieure (c) et de concentration critique supérieure (C)

RÉALISATION DE L’ANTIBIOGRAMME  STANDARD

Ensemencement des boîtes

• Les boites sont d'abord séchées à l’étuve à 37°C
• Tremper un écouvillon stérile sec dans l'inoculum
• Eliminer l'excès en pressant l'écouvillon contre les parois du tube
• Ensemencer en stries sur toute la surface de la boite à trois reprises
• Passer l'écouvillon sur le bord de la gélose

N.B. : On peut également ensemencer les boites par la technique par inondation

Disposition des disques

Des disques de papier buvard, imprégnés des antibiotiques à tester, sont déposés à la surface
d'un milieu gélose, préalablement ensemencé avec une culture pure de la souche à étudier.
Dès l'application des disques, les antibiotiques diffusent de manière uniforme si bien que leurs
concentrations sont inversement proportionnelles à la distance du disque.

• Appuyer doucement sur chaque disque pour assurer un contact uniforme avec le milieu
• Respecter une distance de 30 mm entre deux disques et une distance de 15 mm entre le disque et le bord de la boite
• Disposer 6 disques sur une boite ronde de 90 mm et 16 disques sur une boite carrée de l20 mm (disposition selon une classification en famille, ce qui facilite la lecture et l’interprétation)
• Incuber

Inoculation dans la gélose

INCUBATION

• Après 18 heures d’incubation à 37°C, une zone d’inhibition centrée sur le disque se forme, la concentration d'antibiotique en bordure de la zone d’inhibition correspond à un CMI de l’antibiotique pour la souche étudiée.

CONTROLE DE QUALITE : CQ

Elément majeur du système général d’assurance qualité du laboratoire (NF EN ISO 15189, paragraphe 5.6)

• Utiliser les souches de référence pour apprécier la performance globale du test.
• Les souches recommandées sont des souches sensibles, mais des souches résistantes peuvent être étalement employées pour confirmer que la méthode détecte un mécanisme de résistance connu.
• Ces souches s'achètent soit dans les collections soit dans le commerce.

Souches de référence

• ATCC = American Type Culture Collection
• CCUG = Culture Collection University of Göteborg
• CECT = Colección Española de Cultivos Tipos
• CIP = Collection de Bouches de l'Institut Pasteur
• DSM = Bacterial cultures from Deutsche Stnminsammlung für Mikroorganismen und
• NCTC = National Collection of Type Cultures

Interprétation

• Principe: les antibiotiques ne sont pas des individus isolés mais sont membres de familles unies et donc considérées du point de vue de
  1’interprétation de l'antibiogramme comme un seul groupe fonctionnel
• Ceci explique pourquoi, les résultats des antibiogrammes doivent être analysés simultanément pour des antibiotiques appartenant à la même famille ou classe et non individuellement
• Définitions catégories cliniques dos souches bactériennes pour Interprétation
• Sensibles (S): CMI < c ou = (concentration critique basse), diamètre d’inhibition Ø > ou = diamètre critique D
• Résistantes (R): CMI > C (concentration critique haute), Ø < diamètre critique d
• Sensibles à forte posologie (SFP) : CMI et Ø compris entre les deux valeurs critiques

Conditions d’obtention d’un bon antibiogramme

• Milieu (péremption, hydratation, épaisseur, conservation, pH...)
• Disques antibiotiques (conservation, péremption)
• Inoculum (pureté, densité/standardisation.)
• Conditions d’incubation (relevé des températures...)
• Manipulation (reproductibilité...)
• Interprétation : normes

Avantages de l’antibiogramme

• Méthode peu onéreuse par rapport aux techniques de recherche génotypiques de résistance
• Comparer la CMI d’un antibiotique donné à celle de deux concentrations critiques c et C proposées par le comité d’experts de l’EUCAST

Limites de l’antibiogramme

 FÉtude se faisant in vitro, pour une prédiction in vivo

FRéalisation soumise au respect de conditions techniques parfois non respectées

FDoit obligatoirement être réalisé sur une culture pure et identifiée

FNécessité de vérification par chaque laboratoire de la validité de la technique utilisée, au moins une fois par mois

FTechniques standardisées seulement pour les souches cultivant rapidement sur milieux usuels: pour les autres souches, interprétation délicate.

CONCLUSIONS

L’antibiogramme a pour but de prédire la sensibilité d’un germe à un ou plusieurs antibiotiques afin d’adopter au mieux l’antibiothérapie dans un contexte infectieux. Cette étude a lieu in vitro et il convient de considérer d’autres caractéristiques des antibiotiques, pharmacocinétiques par exemple, afin d’avoir le maximum de chances de guérison pour le malade.

Pourquoi cibler Ies antibiotiques?

Augmentation constante des résistances, notamment chez Ies entérobactéries liée en partie à l’utilisation massive d’antibiotiques à large spectre

Eviter les prescriptions non adaptées

Accompagner les prescripteurs au bon usage des antibiotiques